Sağlam insanın bağırsaqlarında saprofil bakteriyalar olur. İnsan nəcisinin  10-30%-i bakteriyalardan ibarətdir. Bağırsaq bakteriyalarının orqanizm üçün müəyyən əhəmiyyəti vardır. İnsan və heyvan orqanizminin bəzi vitaminlərə olan təlabatının bir hissəsi həmin bakteriyaların köməyi ilə ödənilir. Bundan əlavə bakteriyaların bağırsaq boşluğuna ifraz etdiyi fermentlər sellüozanı xırda molekullu maddələrə çevrilir. Bağırsaqlarda çürümə və qıcqırma prosesləri bakteriyaların iştirakı ilə həyata keçir. Qıcqrma zamanı bağırsaqlarda spirt, karbon qazı və su əmələ gəlir. Çürümə nəticəsində isə bəzi toksok maddələr, bioloji aktiv maddələr, hidrogen sulfid, metan və s.əmələ gəlir. Sağlam orqanizmdə çürümə və qıcqırma proseslərinin sürəti məhduddur. Normal qida rasionu şəraitində bu proseslər arasında mütənasiblik müşahidə edilir. Belə ki, qıcqırma məhsullarının bağırsaqlarda yaratdığı turş mühit çürümə prosesinin sürətini artırır. Normal hallarda orqanizm bağırsaqlarda əmələ gələn çürümə və qıcqırma məhsullarını asanlıqla zərərsizləşdirir. Lakin bu məhsulların miqdarı artdıqda bağırsaq autointoksikasiyası əmələ gəlir. Bağırsaq peristaltikasının zəifləməsi və sekresiyanın azalması nəticəsində çürümə və qıcqırma prosesinin sürəti artır. Çürümə nəticəsində bağırsaqlarda əmələ gələn aminlərin bir hissəsi bağırsaq divarında aminooksidazaların təsiri ilə oksidləşir və zərərsiz maddələrə çevrilir. Bağırsaq autointoksikasiyaının inkişafında çürümə prosesinin sürətlənməsindən başqa bağırsaqların selikli qişasının keçiricilik xassəsinin artmasının, qaraciyərin baryer funksiyasının zəifləməsinin və böyrəklərin funksiyasının pozulmasınında rolu böyükdür. Patoloji şəraitdə toksik maddələrin miqdarı həddindən artıq olduqda qaraciyər onların hamısını zərərsizləşdirə bilmir. Belə olduqda çürümə məhsulları qan vasitəsilə bütün orqanizmə yayılır və toksik təsir göstərir. Qana düşən toksinlər damar divarında olan reseptorlara və beynin funksional mərkəzinin fəaliyyətinə təsir göstərir. Bunun nəticəsində baş ağrıları meydana gəlir, arterial təzyiq aşağı düşür, maddələr mübadiləsində pozulmalar baş verir.