İnfeksion endokarditin klinikası adətən infeksiyanın orqanizmə daxil olmasından 2-4 həftə sonra üzə çıxır. Xəstəliyin ümumi əlamətlərindən ən çox rast gəlinəni qızdırmadır.Qızdırma qeyri-düz tipdə olub,çox hallarda titrətmə və üşütmə ilə müşahidə olunur. Yüksək qızdırma ilə yanaşı bəzi xəstələrdə subfebril və ya normal temperatur ola bilir.Bu hal ən çox ürək qüsuru olan,xroniki qlomerulonefritli yaşlı xəstələrdə rast gəlinir. Yarımkəskin infeksion endokardit zamanı dəridə də dəşiyikliklər gedir və xəstədə aşağıdakı əlamətlər meydana çıxa bilir: - dəri avazıyır,südlü qəhvə rəngi alır - barmaqlar baraban çubuğu kimi əyilir - dərinin bəzi nahiyələrində hemoragiyalara rast gəlinir - konyuktivada nöqtəvi qızartılar əmələ gəlir - dərialtı piy qatında hemoragik ləkələr meydana gəlir - göz dibində ləkələrə təsadüf olunur - əlin iç hissəsində qırmızı-ağlı düyünlər əmələ gəlir Oynaqların zədələnməsi infeksion artritin immunoloji variantı üçün xarakterdir.Bu zaman əl və ayaqların kiçik oynaqları,nadir hallarda isə böyük oynaqlar zədələnir. Endokardın zədələnməsi xəstəliyin klinikasında başlıca yer tutur.Ürəkdə protodiastolik və kobud sistolik küy eşidilir.Xəstələrdə ürək qüsuru daha tez formalaşır və erkən ürək çatışmazlığı inkişaf edir.Ağ ciyər arteriyası qapağı nadir hallarda zədələnir ki,bu da ən çox narkomanlarda baş verir. İnfeksion endokardit zamanı damarların zədələnməsi vaskulit şəklində özünü biruzə verir.Dəridə periferik vaskulitlərlə yanaşı,daxili orqanların da vaskulitinə rast gəlinir. İnfeksion endokardit zamanı beyin damarlarının vaskiliti özünü meningit,ensefalit,dərin ifliclər,nitqin pozğunluğu şəklində göstərir. İnfeksion endokardit zamanı ağ ciyərlərin zədələnməsi ağır spektrli pnevmoniyalar,ağ ciyər absasi şəklində biruzə verir. Qara ciyərin zədələnməsi qara ciyərin infarktına,toksiki hepatitə,ağır hallarda isə qara ciyərin sirrozuna səbəb olur. İnfeksion endokardit zamanı dalaqda da böyümə baş verir. Xəstəlik böyrəklərdə infarkt, kəskin və xroniki qlomerulonefritin inkişaf etməsinə səbəb olur.