Böyrək vərəminin xüsusi klinik əlamətləri olmadığına görə onun diaqnozunu qoymaq çətinlik törədir. Əksər hallarda böyrək vərəmi xroniki pielonefritin, böyrəkdaşı xəstəliyinin, böyrək xərçənginin maskası altında gedir. Proses sidik kisəsinə yayıldıqda sidik kisəsi əlamətləri altında gizlənir. Böyrək vərəmi zamanı xəstələr böyrək nahiyyəsində sızıldayıcı bəzən isə sancı şəkilli ağrıdan şikayət edir. Əksər hallarda əlamətlər böyrəkdaşı xəstəliyinin klinikası adı altında özünü göstərir. Xəstələrdə dizuriya baş verir ki, bu da iltihab əleyhinə müalicəyə tabe olub müvəqqəti olaraq aradan qalxır. Böyrək vərəmi xəstələrində hematuriya baş verir ki, əksər hallarda böyrək şişi diaqnozu ilə qarışdırıla bilir. Böyrək vərəmi böyrəyin başqa xəstəlikləri ilə birgə baş verdiyi üçün diaqnozun qoyuluşunda çətinlik yaradır. Xəstənin vəziyyəti adətən qənatbəxş olur, temperatur yüksəlmir, nadir hallarda subfebril olur. Xəstədə arterial təzyiqin yüksəlməsi nadir hallarda baş verir. Böyrək vərəmi diaqnozunun qoyulması sidiyin müayinəsi zamanı bəlli olur. Belə ki, bu zaman sidiyin reaksiyası çox turş olur ki, bu da vərəm çöplərinin toksini hesab olunur. Sidiyin turş reaksiyası sidikliyi və sidik kanalını qıcıqlandırır və dizuriyaya, hətta tez-tez məcburi sidiyə çıxmağa səbəb olur. Ən müntəzəm müşahidə olunan və ya iltihab əlyhinə qeyri-spesifik müalicəyə pis tabe olan piuriyadır. Böyrək vərəminin ən dürüst əlaməti sidikdə vərəm mikrobakteriyalarının tapılmasıdır. Artıq qəbul olunmuşdur ki, sidikdə vərəm mikrobakteriyalarının tapılması yalnız böyrək vərəmi olduqda müşahidə edilir. Başqa orqanlarda vərəm xəstəliyi olduqda əgər böyrəklər sağlamdırsa, vərəm mikrobakteriyaları sidiyə keçə bilmir. Ancaq kişilərdə prostat vəzinin vərəmi olduqda sidikdə vərəm çöplərinə rast gəlmək olur. Böyrək vərəmində USM böyrək və sidik kisəsində baş verən destruktiv pozğunluqları göstərə bilir. Ancaq bu xəstəliyin gecikmiş formasında baş verir. Bu zaman böyrəklərdə kavernalar aşkar edilir. Xəstəliyin son mərhələsində böyük kavernalar kasacıqlarla, dar keçəcəklərlə birləşir, ya da heç birləşməyib məsafəli qala bilir. Xəstəlik böyrəklərdən sidik kisəsi və axarlarına yayıldığı zaman sidik axarı daralır. Daralma ən çox axarın ləyən-sidik axarı seqmentində və çanaq hissədə müşahidəı edilir. Sidik kisəsinin vərəmi zamanı sidik kisəsiniun ölçüləri kiçilir və kisə deformasiyaya uğrayır. Beləliklə böyrəklərdə bir və ya bir-neçə kavernanın olması sidik axarında və sidik kisəsində baş verən dəyişikliklər, vərəmin olmasının ən etibarlı əlamətlərindəndir.