Müxtəlif yollarla böyrəyə daxil olmuş mikroorqanizmlər intersistal toxumaya və böyrək ciblərinə (sinuslara) yayılır.Başlanğıcda proses ocaqlı olur,sonra yeni kəskinləşmə zamanı proses yayılır,diffuz xarakter alır və böyrək büzüşməsi ilə nəticələnə bilir.Hematogen pielonefritdə iltihab ocaqları əsasən böyrəyin qabıq maddəsində yerləşir və kanalcıqları zədələyir.Urinogen pielonefritdə iltihab ocaqları əsasən böyrəyi pazşəkilli ləyəndən başlayaraq böyrəyin səthinə qədər bir sahəni tutur. Kəskin pielonefrit seroz və irinli ola bilir.Xəstəliyin başlanğıcı üçün paranefral toxumanın ödemi üçün xarakterikdir.Bu zaman böyrək böyümüş,toxuması şişkin,doluqanlı olur,kapsulası asan soyulur.Böyrək ləyəni və kasacıqları genişlənmiş,bulanıq sidik,yaxud irinlə dolmuş,selikli qişa avazımış,ocaqlı qanaxmalar aşkar edilir.Müalicənin təsirindən seroz pielonefrit geriyə inkişaf edir,amma ola bilsin ki,irinli iltihab baş versin,nefrit və böyrək karbonkulu baş versin. Xroniki pielonefritdə iltihabi proses kanalcıq,ara toxuma,yumaqcıqla yanaşı damarlara da yayılır.Bu zaman həmin hissələrdə produktiv endoartrit,orta qişanın hiperplaziyası,arteriolaların sklerozu baş verir. Xroniki pielonefritdə histoloji əlamətlər müşahidə edilir ki,bunun da səbəbi kanalcıqların çapıqla sıxılması və nəticədə genişlənməsi,epitelinin yastılaşması,kanalcıqların içərisinin zülal kütləsi ilə dolması izah edilir. Xroniki pielonefritdə iltihab nəticəsində baş vermiş dəyişilmiş nahiyələr sağlam böyrək nahiyəsi ilə əvəz olunur.Bu səbəbdən böyrəklərdə proses asimmetrik gedir. Histaloji olaraq xroniki pielonefritin 4 mərhələsi ayrılır. 1-ci mərhələdə ara toxumanın leykositar infiltirasiya gedir,kanalcıqlar artofiyalaşır 2-ci mərhələdə yumaqcıqların hialinozu,kanalcıqların atrofiyası,çapıq toxuma inkişaf edir 3-cü mərhələdə yumaqcıqların məhv olması ilə yanaşı kanalcıq epitelisi az differensasiya edir və mənfəzi kolloid kütlə ilə dolmuş olur 4-cü mərhələdə böyrəyin qabıq maddəsi azalır,böyrəklərdə birləşdirici toxuma inkişaf edir və büzüşmüş böyrək əmələ gəlir